Pourquoi le des verbes au pluriel se prononce [e] ?

En effet, la troisième personne du pluriel du présent de l'indicatif se termine graphiquement par -ent mais se prononce /ə/. Cette finale est aujourd'hui purement graphique sauf dans le cas des liaisons où l'on entend le /t/ : chantent-ils, dansent-elles, etc. 

Dans Le bon usage : grammaire française de Maurice Grevisse, nous trouvons l'explication suivante : 

Les trois désinences du latin classique -ant, -ent et -unt ont le même aboutissement phonétique en francais -ent. (...)

On constate dès le Moyen Age une tendance à remplacer -ent par une finale tonique, surtout -ont et -ant. Les paysans parlent ainsi dans les comédies du XVIIe et du XVIIIe siècle. Exemple : Je pense que vla des hommes qui nageant là-bas (Molière, Don Juan, Acte II, scène 1). Ceux qui le servont sont des Monsieux eux-mesme (ib.).

Dans la langue française, -ent en fin de mot est donc muet pour les formes conjuguées et pour les autres formes, cette finale se prononce /ɑ̃/ aussi bien dans les noms communs, les adjectifs ou les adverbes : accident, absent, rapidement, etc. 

Si vous souhaitez aller plus loin, vous pouvez également consulter cet ouvrage de phonétique qui vous éclairera un peu plus sur les subtilités de notre langue. 

Bonne journée.